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瑞典科学家开发基因功能分析新算法

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来源: 作者: 2019-05-17 02:51:06

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瑞典斯德哥尔摩大学研究人员开发出一种新的分析基因功能的计算机算法,称为BinoX。研究成果发表在日前出版的《核酸研究》期刊。

该算法将结合实验取得的基因列表和已知通路。利用大型基因络的新方法,确定基因列表和途径是不是比预计的联系更为紧密。新方法具有显著优势,尤其是与传统的基因重叠富集法相比改进很多,灵敏度提升60倍,且假阳性率降至0。研究人员表示,BinoX还能用于找到与癌症和其他疾病相干的基因集的许多具有生物学意义的途径注解,这是通过其他方法发现不了的。

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究人员可直接使用BinoX工具,该小组建立了一个公共络服务器以进行单基因集的通路分析,这使得BinoX算法适用于所有KEGG途径和FunCoup络。FunCoup络数据库是研究小组在这之前开发的,用于检索基因和基因产物之间的功能耦合关系。目前,该数据库已涵盖人类和10种模式生物的综合络。例如,由超过人类18000的基因/蛋白质及其超过400万个相互关联关系组成的络。

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